Die Meldevergütungen, die der Melder für jede vollständige, gültige und vergütungsfähige Meldung erhält, werden von den Krankenkassen getragen. Darum sind die Angaben zur Versicherung der Patientin und des Patienten verpflichtend und ohne diese Angabe kann keine Meldevergütung ausgezahlt werden. Die Vereinbarung zur Vergütung wurde gemeinsam vom GKV-Spitzenverband, der Deutschen Krankenhausgesellschaft, der Kassenärztlichen Bundesvereinigung sowie der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung abgestimmt und durch eine Schiedsperson festgelegt.
In der Abbildung wird dargestellt, wie die Abrechnung der Meldungen über die Krankenkassen erfolgt. Das Krebsregister nimmt im Abrechnungsprozess die Aggregation der eingegangenen Meldungen nach Kostenträger (Kassen) vor. Wird von den Kassen die Meldevergütung für die eingereichten Meldungen ausbezahlt, muss wiederum das Krebsregister die Aggregation der ausbezahlten Vergütungen nach Melder vornehmen. Nur so ist gewährleistet, dass jeder Melder die korrekte Vergütung der von ihm eingereichten Meldungen erhält.